En 1905, à la mort de Théodore Phélippot, ancien maire du Bois-Plage, auteur de publications sur l’histoire locale et grand collectionneur, l’association  «Les Rétais de Paris», représentée par le docteur Emile Atgier, trouve en la personne d’Ernest Cognacq, fondateur de la Samaritaine, un mécène. Il achète l’ensemble de la collection Phélippot pour la donner à la commune de Saint-Martin-de-Ré et lui fait également don de l’hôtel des Cadets Gentilhommes pour que la collection puisse être présentée au public. Le musée est inauguré le 31 août 1907.

Le musée demeure dans ses locaux d’origine jusqu’en 1969. Une grande partie de ses collections est alors mise en caisses et y reste plus de cinq ans en attendant le transfert dans l’Hôtel de Clerjotte alors en pleine restauration. C’est sous l’égide du maire de l’époque, M. Bouthillier qu’est inauguré le Musée Ernest Cognacq dans son nouvel et définitif écrin.

De 1969 à 1993, les collections du Musée national de la Marine et quelques éléments du fonds Ernest Cognacq y sont réunies. Au départ du dépôt du Musée de la Marine, l’ensemble des collections du Musée Ernest Cognacq se déploie dans l’Hôtel de Clerjotte. Elle contienne un fonds important de céramiques, des peintures, d'objets de marine, des documents maçonniques, ainsi qu'un fonds cartographique, de nombreux livres et archives...

Aujourd’hui, en pleine restructuration, le Musée prépare une nouvelle présentation de ses collections.

En 2007 le musée a fêté ses 100 ans d'existence :
1907-2007, le musée fête ses 100 ans !

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